Po letniej przerwie Ada Niezgódka wraca do Akademii, żeby rozwikłać tajemnicę pochodzenia swojego przyjaciela – Alberta. W tym samym czasie profesor Kleks wyrusza do świata realnego, żeby odnaleźć przyjaciela sprzed lat. Okazuje się, że oba te tropy prowadzą do dawnego absolwenta Akademii – Filipa zwanego Golarzem…
"Kleks i wynalazek Filipa Golarza" to wyjątkowa podróż do świata wyobraźni, gdzie każde zdobyte doświadczenie i umiejętność mogą stanowić broń w walce z nadchodzącym złem. Tym razem Profesor Kleks jest zmuszony do powrotu do rzeczywistości i skonfrontowania się z technologią, która zagraża marzeniom dzieci, podczas gdy w Akademii jego miejsce czasowo zajmuje wierny ptak Mateusz.
Historia pełna jest niezwykłych pytań: czy miłość Ady Niezgódki do robota Alberta może przywrócić mu ludzkie serce? Czy wynalazek Filipa Golarza - kuszący dzieci wizją życia bez wyobraźni - na zawsze zmieni ich sposób myślenia? I czy fantazja ma jeszcze siłę, by pokonać nowoczesną technologię?